"Máster" suponiendo que es para España.

Tu cuarta opción es la correcta. Se refiere a un máster que se consigue realizando proyecto(s) de investigación, a diferencia de un máster por docencia o por cursos (el tipo más usual), que se llamaría normalmente "by coursework".

"El Reino Unido e Irlanda no establecen ninguna diferencia entre másters más “académicos” o más “profesionales”: todas las titulaciones se consideran académicas. Más aún, la diferenciación tiene lugar entre los “Másters con asistencia a clase” y los “Másters por investigación”."
http://www.uma.es/eees/images/stories/mster_y_titulaciones_e...